中科院完成国际上首个鲤鱼高密度SNP分型芯片开发

中国水产门户网报道近日，中国水产科学研究院生物技术研究中心在国际期刊BMC Genomics（IF=4.4）发表了以许建博士为第一作者，徐鹏和孙效文研究员为通讯作者的研究论文，系统报道了该中心完成的鲤鱼高密度SNP分型芯片的研发成果。

    生物技术研究中心近2年来先后完成了鲤鱼全基因组测序和图谱绘制、全球代表性鲤鱼品系的基因组重测序和基因组遗传变异图谱绘制工作，获得了超过2000万个单核苷酸多态性位点（SNP）。在此基础上，进一步筛选了25万个高质量的SNP位点，这些多态性位点均匀分布在50条染色体上，平均间隔为6.6 kb，形成了致密的“分子标尺”。随后，科研人员利用Affymetrix的Axiom基因分型技术平台设计开发了全球首个鲤鱼高密度SNP分型芯片- Carp 250K SNPArray。随后，科研人员详细评估了该芯片的可靠性、精确性和各方面的应用价值：首先，采集多个地理种群以及人工选育家系样本共计1072个样本（包含松浦镜鲤、荷包红鲤、黄河鲤、兴国红鲤、瓯江彩鲤、锦鲤等），以及8个近缘物种共80个样本（包含青、草、鲢、鳙、团头鲂、鲫鱼、斑马鱼、雅罗鱼），利用该芯片进行首次高通量SNP基因分型。结果表明，在所有鲤鱼样本中，多态性位点达到185150个（74.06%），这在目前已经报道的所有水产动物SNP分型芯片中分型成功率最高；在近缘物种的测试中，可用的多态性位点从53526到71984不等，表明该芯片在鲤科鱼类近缘种中同样具有较高的分型成功率。芯片的分型准确度经评估达到99.8%以上。利用该芯片进行的聚类分析也清晰的将鲤鱼各品系以及鲤与其它近缘种区分开来。

    该芯片的成功构建，填补了国际上鲤科鱼类高密度SNP分型芯片的空白，也为开展鲤鱼和近缘鲤科鱼类的基因组选择育种和全基因组性状关联分析等研究奠定了基础。

    该项研究得到863项目“鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”，公益性行业（农业）专项“水产分子育种共性技术研究”和948项目“基于全基因组单核苷酸多态性的水产动物性状解析技术引进”等项目的资助。